Die Reformation bedeutete auch eine einschneidende Zäsur im Umgang mit der Heiligen Elisabeth, der „Ahnfrau“ des hessischen Landgrafenhauses. Im Zuge des Heiligsprechungsprozesses waren ihre Gebeine am 1. Mai 1236 feierlich und unter Beteiligung Kaiser Friedrichs II., der sich zu den Verwandten Elisabeths zählte, aus ihrem ursprünglichen Grab erhoben und in eine neu erbaute, größere Wallfahrtskirche übertragen worden (Translatio). Später wurden sie in einen Schrein aus wertvoller Goldschmiedearbeit eingelegt, der in der 1235–1290 errichteten Marburger Elisabethkirche Aufstellung fand. Die Sorge für die Kirche und die Wallfahrt war schon zuvor dem Deutschen Orden übertragen worden, dessen Marburger Niederlassung sich infolgedessen zur wichtigsten in Hessen und zur Residenz des Landkomturs für die hessische Ballei (Ordensbezirk) entwickelte. Die Wallfahrt zu der Heiligen beruhte auf der Überzeugung, dass die Heiligen in ihren Überresten als Personen gegenwärtig sind, und der Hoffnung, dass sie die Sorgen und Nöte der Vielen erhören und ihr fürbittendes Gebet bei Gott für sie einlegen würden. Die Entfernung der Gebeine aus ihrem Schrein am 18. Mai 1539 war deshalb ein Schlüsselereignis nicht nur für Landgraf Philipp und den Deutschen Orden, sondern für die Reformation in Hessen überhaupt.
Der vorliegende Bericht über die damaligen Ereignisse wurde im 17. Jahrhundert von dem Deutschordensschreiber David Gottschalk Höping verfasst und an die Ordenszentrale in (Bad) Mergentheim übersandt. Erst mit der Auflösung des dortigen Deutschordensarchivs 1908 kehrte er wieder nach Marburg zurück. In weiten Teilen gehen Höpings Schilderungen auf eine ältere Aufzeichnung des Marburger Bürgermeisters Johannes Blankenheim (†22. August 1565) zurück, der 1539 als städtischer Schöffe amtierte und in dieser Funktion wohl bei den Geschehnissen in der Elisabethkirche zugegen war. Im letzten Absatz gibt Höping dagegen mündliche Hausüberlieferung aus der Marburger Kommende wieder. Aus dieser Genese erklären sich auch die unterschiedlichen Perspektiven, die der Text einnimmt, und die widersprüchlichen Angaben über das Schicksal der Reliquien (heimlich begraben – in der Elisabethkirche beigesetzt). Auch die falsche Zuweisung des Reliquiars an einen „Kaiser Heinrich“ ist erst ein Zusatz Höpings, während Blankenheim richtig Friedrich II. anführte. Der Nachdruck, der auf die Rückgabe des wertvollen Kopfreliquiars gelegt wird, entspricht der landgräflichen Sichtweise und richtet sich apologetisch gegen den schon früh erhobenen Vorwurf, Philipp sei es vor allem um materielle Bereicherung gegangen. Günther Franz hat Blankenheims Aufzeichnung deshalb als „landgräfliches Protokoll“ bezeichnet. Tatsächlich entstand sie aber nicht im herrscherlichen Auftrag, sondern als Privataufzeichnung („Diarium“) eines gleichwohl dem Herrscher nahestehenden Amtsträgers, und das zu einem unbekannten Zeitpunkt. Blankenheim überliefert zuverlässig, was er als Augenzeuge gesehen hat. Bei den historischen Einordnungen, die er darüber hinaus vornimmt, zeigt sich dagegen, dass er teilweise schlecht informiert ist. Der Bericht irrt in folgenden Punkten: (1) In der Retrospektive wurde der 18. Mai 1539 als „Stichtag“ für die Reform und das Ende der heiligen Messe in der Elisabethkirche ausgegeben („reformirt undt die meß abgeschafft“). Tatsächlich hatte sich dies aber bereits 1527–1533 in einem längeren Prozess vollzogen. (2) Die mit 2008 Personen bezifferte Anzahl von Philipps Gefolgschaft ist angesichts der Kapazität der Elisabethkirche sicherlich zu hoch gegriffen. (3) Ungenau ist der Ausdruck „goldene Krone“ („güldene cron“). Es handelte sich nämlich, wofür auch der mit 450 Goldgulden sehr hohe Materialwert spricht, um ein mit einer goldenen Krone versehenes Kopfreliquiar, das, so lange es sich in Marburg befand, gut dokumentiert ist. (4) Dass Philipp die Reliquien heimlich vergraben habe, näherhin auf dem an die Kirche angrenzenden Pilgerfriedhof, wurde 1545 auch von ihm selbst behauptet. Tatsächlich widersetzte sich der damit beauftragte Georg von Kolmatsch aber dieser Anordnung und brachte die Gebeine stattdessen auf seine Wasserburg Wommen, was 1540 auch dem Orden bekannt wurde. Nach der Niederlage und Gefangenschaft Landgraf Philipps im Schmalkaldischen Krieg forderte er sie deshalb zurück und erhielt sie nach längeren Auseinandersetzungen auch tatsächlich am 12. Juli 1548 wieder ausgehändigt. Blankenheim folgt hier also den offiziellen Verlautbarungen vor 1548. (5) Ähnliche Missverständnisse, diesmal auf Seiten der Ordenskommende, finden ich auch in Höpings Zusatz: Einer 1609 ausgestellten Urkunde zufolge hatte Erzherzog Maximilian der Deutschmeister Teile der zurückgegebenen Reliquien 1588 von Marburg in das neu gegründete Wiener Klarissenkloster übertragen lassen. Von dort gelangten sie 1782 in das Kloster der Elisabethinen, wo sie bis heute verwahrt und verehrt werden. Das Wissen davon hatte sich in der nunmehr protestantischen Kommende Marburg aber rasch verflüchtigt, denn bereits 1634 und 1640 vermutete man hier, die Gebeine seien vor dem Hochaltar beigesetzt worden. Ob man das, wie Höping schreibt, 1599 auch Maximilian dem Deutschmeister erzählte, der doch über die Schicksale der Reliquien sehr gut im Bild war, bleibt das Geheimnis des Ökonomie- und Küchenschreibers Konrad Eckhart.
Gut informiert zeigt sich der Bericht Blankenheims dagegen über die Vorgänge in der Elisabethkirche, soweit er sie selbst beobachten konnte: Der Landgraf war mit großem Gefolge, bestehend aus Vertretern von Ritterschaft, Universität und Stadt, in die Kirche eingezogen und hatte dort eine Predigt gehört. Aus einem anderen Bericht weiß man, dass er den Komtur zunächst aufgefordert hatte, den Prädikanten der Kommende predigen zu lassen. Einen Tag zuvor hatte er diesen Plan aber fallen lassen und stattdessen seinen engen Vertrauten Adam Krafft, den vielleicht wichtigsten hessischen Reformator, damit beauftragt. Mit seiner Predigt gab Krafft einen Deutungsrahmen für die weiteren Geschehnisse vor: Nach der Predigt näherte sich Philipp sukzessive dem Schrein an, der seit jeher in der Sakristei der Kirche stand, indem er zunächst diese und dann jenen aufzuschließen befahl. Die Ordensangehörigen verweigerten ihm den Schlüssel, woraufhin er ihn durch (anwesende, also bereits zuvor bestellte) Goldschmiede gewaltsam öffnen ließ. Unter den Reliquien fehlte der Kopf der Heiligen, der, in einem eigenen Reliquiar gefasst, gesondert aufbewahrt wurde, um ihn bei bestimmten Anlässen auszustellen. Obwohl dieser Umstand jedermann bekannt war, entspannt sich darüber ein Dialog. Wiederum kommt es zum Konflikt um den Schlüssel, der nicht auffindbar sein soll. Auch diese Auseinandersetzung ist eigentlich müßig, weil den Beteiligten bekannt ist, dass das Reliquiar noch vor wenigen Tagen aus dem Schrank herausgenommen worden war. Daher droht der Landgraf erneut mit Gewalt, dem Aufbrechen des Schranks. Nach dieser Drohung findet sich der Schlüssel. Der Landgraf nimmt die Gebeine und das Kopfreliquiar mit sich auf das Schloss und damit sichtbar in seine herrscherliche Verfügung.
Bei diesem Akt handelte es sich keineswegs, wie in der Literatur behauptet, um einen „tumultartigen Aufzug“, sondern um ein (wie die Bestellung von Prädikant und Goldschmieden zeigt) genau vorbereitetes und auch angekündigtes Geschehen. In ihm wurden die konfligierenden Positionen durch symbolische Kommunikation – öffentliche Dialoge über Sachverhalte, die den Beteiligten bekannt sind, demonstrative Gewaltandrohung und -anwendung, die sichtbare Aushändigung der Schlüssel – ausgetragen. Die ritualisierten Dialoge über die Schlüssel und den Aufbewahrungsort der Kopfreliquie eröffneten dem Komtur die Chance, öffentlich zu dokumentieren, dass er sie nicht freiwillig, leichtfertig gar, sondern nur unter der unmittelbaren Androhung von Gewalt herausgegeben hat. Diese Zeichenhaftigkeit war für die eigens dafür hergestellte Öffentlichkeit, zu der auch Blankenheim, der Marburger Schöffe, zählte, „lesbar“ und wurde (wie Blankenheims Bericht zeigt) von ihr auch sehr genau verstanden. Ein Vorbild hatte sie in entsprechenden Akten spätmittelalterlicher Klosterreform, wie sie Philipps Vater bspw. 1495 durchführen ließ.
Der Vergleich mit den beiden anderen erhaltenen Schilderungen erweist im Kern die Zuverlässigkeit von Blankenheims Aufzeichnungen. Der Bericht des Deutschen Ordens fügt noch einige weitere Handlungsabläufe und Dialoge hinzu, die die Dramatik erhöhen und Philipp in ein schlechtes Licht rücken sollen, wie seine bösartig-launige Bemerkung, als man vorübergehend in der Sakristei eingeschlossen war, wenn es nun ans Verhungern gehe, wolle man den Landkomtur als ersten aufessen. Der dritte Bericht aus der Feder Adam Kraffts liefert die theologische Legitimation für das Vorgehen durch den Verweis auf die Bibel und die Schlichen des Teufels bei der falschen Frömmigkeit.
Luther hatte die Vorbildfunktion der Heiligen nicht in Abrede gestellt, lehnte aber ihre Funktion als Heilsmittler und ihre Anrufung ab: „Vom Heiligendienst wird von den Unseren so gelehrt, dass man der Heiligen gedenken soll, damit wir unseren Glauben stärken, wenn wir sehen, wie ihnen Gnade widerfahren und auch wie ihnen durch den Glauben geholfen worden ist; außerdem soll man sich an ihren guten Werken ein Beispiel nehmen“ (Artikel 21 des Augsburger Bekenntnisses). Für eine Verehrung der Heiligen im evangelischen Sinne bedurfte es aber weder eines bestimmten Ortes noch bestimmter dinglicher Überreste. 1548 bekannte auch Philipp, Elisabeth sei „eine löbliche und gottselige Königin“; doch sei mit ihren Reliquien „viel Abgöttereien“ getrieben worden, was nicht in ihrem Sinn gewesen sei. Bereits 1528 hatte er deshalb die Sakristei der Kirche versiegeln lassen und 1529 (vergeblich) auf eine Beisetzung der Reliquien gedrungen.
Der unmittelbare Auslöser für Philipps Gewaltakt dürfte eine Erkrankung im Jahr 1539 gewesen sein, die er selbst als Syphilis deutete. In dieser Situation rechnete er mit seinem baldigen Tod und wollte unumkehrbare Tatsachen schaffen, damit die „Ketzerei mit dem Gebein“ auch künftig nicht wieder anfange. Es entsprach dem Selbstverständnis des protestantischen Landesherrn, gegen „Superstition“, gegen „Aberglauben“ in seinem Territorium vorgehen zu müssen. Zudem befand sich damals der Unterwerfungskampf des Ordens, der kein Bestandteil seines Territoriums war, in einer Hochphase. Schon im Zuge der allgemeinen Klosteraufhebungen 1527/28 hatte Philipp vergeblich versucht, seine Hand auf die Marburger Ordenskommende zu legen, und sich dann darauf verlegt, sie in die Landsässigkeit zu zwingen; 1543 sollte er eine Vakanz in der Hausleitung dazu ausnützen, um die Kommende zu besetzen. Der reichsunmittelbare Orden konnte diese Säkularisationsversuche zwar erfolgreich abwehren, doch der Streit um sein Verhältnis zur Landgrafschaft, ausgetragen in ungezählten kleinen und kleinsten Stellvertreterkonflikten, sollte bis zum Ende des Alten Reichs andauern. In diese Auseinandersetzungen mit dem Orden fügen sich die Vorgänge von 1539 nahtlos ein. Denn obwohl die Deutschherren seit 1529 einen evangelischen Prädikanten besaßen und zumindest hausintern eine durchaus aufgeschlossene Haltung gegenüber dem neuen Bekenntnis einnahmen, mussten sie den Reliquienraub Philipps als gezielten Angriff auf das größte symbolische Kapital, die eigentliche raison d’être ihrer Kommende verstehen.
Elisabeth war bis dahin aber auch ein wichtiges symbolisches Kapital der Landgrafen von Hessen gewesen; und so bedeutete Philipps Schritt vor allem auch einen radikalen Bruch mit der Tradition und Identität seiner eigenen Familie. Bereits bei der Konstituierung des Landgrafenhauses und der Etablierung seiner Herrschaft in Hessen unter Sophia von Brabant (1224–1275) hatte Elisabeth eine im Wortsinn fundamentale Rolle für das dynastische Selbstverständnis der Landgrafen gespielt. Der Bezug auf die Heilige und die Monopolisierung ihres Kultes in Marburg begleiteten die Herauslösung Hessens aus der Landgrafschaft Thüringen und die Identifizierung des Hauses Brabant mit den hessischen Gebieten. Dazu gehörte auch, dass die Landgrafen seit 1274 ihre Begräbnisstätte im Nordchor der Elisabethkirche wählten. Er lag dem Südchor mit dem Grab der Heiligen gegenüber. Getrennt wurden beide durch den Hauptchor, in dem die Ordensangehörigen zum Chorgebet zusammenkamen. Im Stundengebet, das die Heiligenverehrung und das Totengebet enthielt, vermittelten sie zwischen beiden. Als sich der Nordchor langsam mit Grabmälern füllte, versammelte sich das „Haus Hessen“ förmlich im Tod bei seiner Spitzenahnin. Verwandtschaftliche Nähe zu Heiligen bedeutete Vorzug und Vorrang, die Auszeichnung einer Familie als „beata stirps“, und wurde deshalb von vielen Herrscherfamilien gesucht und herausgestellt. „Mit der heiligen Elisabeth besaßen die Landgrafen die beste aller möglichen Abstammungen. Sie entstammte königlichem Geschlecht und war heilig“ (Fuchs); dazu war sie eine äußerst populäre Heilige. Als Spitzenahnin des Landgrafenhauses bedeutete sie deshalb ein kaum zu überbietendes symbolisches Kapital. Die Landgrafen bezogen sich auf Elisabeth als ihre „Hauptfrau“ (so in einer Urkunde von 1469), die Landeschronistik des 15. Jahrhunderts bezeichnete sie als „Mater Hassiae“ und transformierte damit die dynastische Identität in eine Landesidentität, wozu auch die Tatsache beitrug, dass Elisabeth mit einem Kirchenmodell in der Hand (das heißt als Kirchengründerin, also in Gestalt des Marburger Kulttradition) auf hessischen Münzen figurierte. Die religiöse Bindung an die Heilige bedeutete im mittelalterlichen Verständnis auch soziale Bindungen: Die Zuerkennung eines sozialen Status unter den Lebenden, die gegenseitige Verpflichtung zu Hilfe und Gebet. Wie stark auch der junge Philipp noch in dieser Tradition verwurzelt war, zeigt die Tatsache, dass er nach seiner Rückkehr vom Wormser Reichstag 1521, auf dem er erstmals, wenn auch nur oberflächlich Luther begegnet war, aus Dank für den Empfang der Reichslehen eine Prozession zum Grab der Hl. Elisabeth durchführen ließ. Die Reichslehen machten das territoriale Substrat seiner Herrschaft aus, und aus Anlass von deren Erneuerung suchte er die rituelle Rückbindung an die heilige Spitzenahnin, die an ihrem Anfang stand. 1525 appellierte der Marburger Franziskanerguardian Nikolaus Ferber noch einmal an den Landgrafen, der sich mittlerweile zu Luther bekannte, er möge sich seiner Ahnfrau Elisabeth und seiner frommen Vorfahren würdig erweisen und beim alten Glauben bleiben.
Auch der zweite Bericht über die Vorgänge von 1539, verfasst von den Angehörigen der Marburger Kommende und adressiert an die altgläubigen Ordensoberen, ruft diese Bindung noch einmal in Erinnerung: Philipp habe demzufolge die Reliquien mit den Worten in Empfang genommen: „Komm her, Muhme Els. Das ist meine Urgroßmutter, Herr Komtur“. Als der Landgraf auf dem Rückweg von der Sakristei eine Beschädigung am Grab seines Vaters bemerkt, nimmt der Komtur das zum Anlass, ihn nicht nur zur Ehrerbietung gegenüber dem Vorfahren, sondern auch gegenüber der Heiligen zu ermahnen, von der „alle Fürsten und das ganze Land zu Hessen Ehre, Ruhm und alles Gut“ hätten. Er stellte Philipp damit noch einmal das bisherige dynastische Selbstverständis der Landgrafen und die sozialen Bindungen, die nach mittelalterlichem Verständnis zwischen Lebenden, Toten und den Heiligen bestanden, vor Augen. In dieser stilisierten Szene prallen somit sehr anschaulich zwei Denksysteme, ein traditionelles und ein protestantisches Heiligenverständnis aufeinander.
Philipp hatte damit aber längst gebrochen. Demonstrativ brach er auch mit der Grablege in der Elisabethkirche und wählte sein Grab in der alten Stifts- und nunmehrigen evangelischen Stadtkirche St. Martin in Kassel. An die Stelle der von der Heiligen überhöhten Genealogie rückte in der Folgezeit die Abstammung vom Haus Brabant (die allerdings nicht weniger zu den besten aller möglichen Abstammungen zählte, weil sie die Anbindung an die Karolinger implizierte). Was blieb, war eine von der lutherischen Heiligentheologie bestimmte Erinnerung an Elisabeth als eine fürstliche Frau von vorbildlicher Mildtätigkeit. So zeigt sie schon 1542 der „Philippstein“ in Kloster Haina. Freilich ohne Heiligenschein und auf derselben Ebene stehend wie Philipp. Elisabeth selbst war von Landgraf Philipp säkularisiert worden.