Mit der Einführung der Reformation erfuhr die Kirchenorganisation eine völlige Neuordnung. Nicht nur neue Behörden, wie beispielsweise Konsistorien, wurden eingerichtet, alte Institutionen wie die Klöster verloren ihre Bedeutung, weshalb sie aufgelöst werden sollten. Die Frage, was nun mit dem aufgelösten Kirchen- und Klostergut geschehen sollte, stellte sich damit in allen evangelisch gewordenen Reichsständen.
Fürst Georg III. von Anhalt (1507-1553), der seit 1530 als Mitregent im Fürstentum Anhalt-Dessau fungierte, führte zusammen mit seinen Brüdern die Reformation in Anhalt von 1532 bis 1534 ein. Die anhaltinischen Fürsten wandten sich dabei frühzeitig der reformatorischen Bewegung zu, in der Stadt Zerbst etwa fasste die Reformation bereits 1524 Fuß. 1536 traten sie dem Schmalkaldischen Bund, dem Schutzbündnis der evangelischen Reichsstände, bei. Als Mitglied des Bundes wurden sie mit der Kirchengüterfrage auf dessen Tagungen wiederholt konfrontiert. Auch im Hinblick auf die Erarbeitung einer eigenen Kirchenordnung für den Dessauer Teil wandte sich Georg von Anhalt an Martin Luther, mit der Bitte seine Position im Umgang mit den Kirchengütern vorzutragen.
Luther besaß die Vorstellung, dass das kirchliche Vermögen in erster Linie für die neue evangelische Kirche und deren Aufgaben selbst gebraucht werden sollte. Sofern noch Gelder übrig waren, sollten diese „zum gemeinen weltlichen Nutzen“ dienen, wie z. B. den fürstlichen Finanzen. Dafür wurden in den angesetzten Landesvisitationen die Klosterbestände gesichtet, die verlassenen Klöster mit sofortiger Wirkung aufgelöst und diejenigen Klöstern, wo sich nur noch einzelne Mönche und Nonnen befanden, mit anderen Klöstern zusammengefasst. Neuaufnahmen von Klosterangehörigen sollte vermieden werden, hingegen sollten die noch vorhandenen Ordensleute zum Austritt ermutigt werden und dafür eine Abfindung erhalten; falls diese aber im Kloster verbleiben wollten, sollten diese bis zu ihrem Tod bleiben dürfen und versorgt werden. Diese Aufgabe der Sequestration, also der Einziehung und der anschließenden Verwaltung des Kirchengutes, sollte durch den Landesherren geschehen. Zu diesem Zweck wurden Klostervorsteher eingesetzt.
Hinter diesem Vorgehen stand die Sorge, wie man das neue Kirchenwesen überhaupt finanzieren konnte. Mit der Glaubensänderung war die materielle Versorgung der Geistlichen unsicher geworden, weil z. B. Spenden und Gebühren wegbrachen. Die frei werdenden Gelder waren deshalb zunächst dafür bestimmt, die Besoldung der Kirchen- und Schuldiener vorzunehmen und die Finanzierung von Superintendenten, die über das kirchliche Personal Aufsicht führen sollten, sicherzustellen. Anschließend waren die Gelder für den Aufbau eines effektiven Bildungswesens zu verwenden, da es an geeigneten Personen zur Seelsorge überall mangelte. Mit den Schulen sollten aber auch die Jungen und Mädchen zu guten christlichen Menschen im Sinne der neuen evangelischen Kirche und der Obrigkeit erzogen werden (Sozialdisziplinierung). Darüber hinaus sollten die ehemaligen Klostergüter und -ländereien verpachtet werden oder anderweitige Nutzungen erfahren, indem die Gebäude als Wohnungen oder Schulen Verwendung fanden. Diesen Vorgang nannte man auch Säkularisation. Ziel der Umverteilung und Neudefinition von Klostergut war es, einen organisierten Ausbau der Landeskirche zu ermöglichen.
Der Zugriff auf die Klöster und deren Einnahmen und Besitz war aber keineswegs nur eine Frage der evangelischen Stände. In der Beschreibung Luthers spielt dieser auf die Verhältnisse unter Herzog Georg im albertinischen Sachsen an. In Georgs Klostervisitationen bis 1539 zeigte sich offenkundig, dass auch die altgläubigen Landesherren ein Interesse an der Umgestaltung der Klosterlandschaft hatten, freilich geprägt durch einen Reformwillen, der die alten kirchlichen Strukturen erhalten und verbessern sollte.
Die Neuordnung des Kirchengutes war damit auch ein Ausdruck eines entstehenden frühneuzeitlichen Staats, der kirchliche Angelegenheiten und Entscheidungen systematisch an sich zog und in diese aktiv eingriff.